Para esta fase, foram expedidos, pelo Supremo Tribunal Federal, 47 mandados judiciais (46 mandados de busca e apreensão e um de prisão preventiva), nos estados do Rio Grande do Sul, Bahia, Mato Grosso, Goiás, Minas Gerais, Maranhão, Paraná, Rondônia, São Paulo, Tocantins, Santa Catarina e Distrito Federal.
Foi determinada a indisponibilidade de bens, ativos e valores dos investigados. Apura-se que os valores dos danos causados ao patrimônio público possam chegar à cifra de R$ 40 milhões.
Os fatos investigados constituem, em tese, os crimes de abolição violenta do Estado Democrático de Direito, golpe de Estado, dano qualificado, associação criminosa, incitação ao crime, destruição e deterioração ou inutilização de bem especialmente protegido.
As investigações continuam em curso e a Operação Lesa Pátria é permanente, com atualizações periódicas acerca do número de mandados judiciais expedidos e pessoas capturadas.